Paisaje
Situado en el centro de la pequeña depresión que lleva su nombre, Alfarnate es un cobijo entre montañas situado en el extremo noroccidental de la Axarquía, a 925 metros de altitud. La planicie de olivos, cerezos, trigo y garbanzos sobre la que se asienta el pueblo ofrece un fuerte contraste con el paisaje montañoso que la rodea, un paisaje en el que predominan los roquedales salpicados de árboles dispersos y pequeños bosquetes del viejo encinar que cubría estas tierras. Los collados del Puerto de los Alhazores (1.040 m.) y del Puerto del Sol (1.100 m.), además de parajes de notable singularidad, son los pasos naturales por los que esta zona se comunica con el exterior.
Flora
La vegetación está condicionada por el relieve. En los alrededores de Alfarnate al ser el relieve más abrupto y escarpado, permite el desarrollo de tepices vegetales permanentes (musgos, líquenes y helechos en fisuras). En la montaña predomina el matorral mediterráneo, el encinar, el chaparral y quejigos. Existen algunos bosques repoblados de pinos en las montañas y en el entorno del pueblo. Se da gran variedad de setas en el otoño e invierno.
Otras especies vegetales que aparecen en la zona, son el lentisco, el espino, el amuleto, madreselva, matagallos,jara, endrino, gallombas, cardos, juncos, helechos, tomillo, romero, collejas, zarza-moras, higueras, chumberas, esparragueras, cornicabras, aulagas, hinojo y adelfas.
Entre la zona que va desde la montaña a la huerta existen manchas de árboles frutales tales como cerezas, nogales, manzanos, almendros, olivos. En el llano próximo al pueblo originariamente era la zona de secano, y actualmente se encuentran entremezclados los cultivos de secano con los de regadío. Los cultivos más destacados son garbanzos, lentejas, trigo, cebada, veza y horatlizas.
Fauna
Las peculiares condiciones ambientales del área, altitud y cercanía al mar en el sur peninsular condicionan su importancia faunística. La riqueza faunística es rica y variada a pesar de la degradación medioambiental que sufren estas tierras ya desde el siglo XIX, con la presencia en orden decreciente de abundancia de aves, mamíferos, reptiles y anfibios. Contando en la zona con algunas especies bajo algún tipo de protección.
Respecto a las aves podemos citar rapaces como las águilas real, perdicera, calzada y culebrera, el halcón peregrino, búhos y lechuzas. Otras aves que aparecen en la zona son la perdiz, codorniz, tórtola, zorzales, paloma torcal, la alondra, ruiseñor bastardo, el jilguero y el cuco.
Entre los mamíferos la presencia más significativa en estas sierras es la cabra montés que aparece en zonas como el chamizo, tajo de la Palomera, morrón de Carrasco, en los tajos Doña Ana y Fraile. Podemos observar también: el zorro, el gato montes, jabalí, comadreja, liebres, conejos, jineta y tejón.
También podemos encontrarnos con pequeños anfibios, en los caminos y sendas de Alfarnate; en las charcas y cursos de agua, destacando diferentes especies de ranas, sapo común; y también reptiles, entre los que destacan diversas especies de lagartijas, el lagarto ocelado, culebras y las víboras hocicudas, localizadas en los pedregales de la montaña en la estación seca.
